A região do Recôncavo Baiano era habitada, até o século XVI, pelos tupinambás.[2] Martim Afonso de Sousa desembarca na ilha em 1531 e a batiza com o nome de Tynharéa. Devido à sua localização geográfica privilegiada, foi cenário de inúmeros ataques de esquadras francesas e holandesas, verdadeira zona franca de corsários e piratas durante o período colonial.

Sob a jurisdição da capitania de São Jorge dos Ilhéus, Jorge de Figueiredo Correia recebeu a propriedade de dom João III, e designou Francisco Romero para a colonização das terras. Os constantes ataques dos índios aimorés e tupiniquins à população continental da região favoreceram a rápida povoação das ilhas, e em 1535 nascia, no norte da ilha, a vila Morro de São Paulo.

Morro de São Paulo protegia a chamada "barra falsa da Baía de Todos os Santos", entrada estratégica para o Canal de Itaparica até o Forte de Santo Antônio (atual Farol da Barra). O canal de Tinharé era essencial no escoamento da produção dos principais centros para o abastecimento da capital, Salvador. A importância geográfica da ilha durante o período colonial justifica a riqueza de monumentos históricos, hoje protegidos pelo Patrimônio Histórico Nacional.

No contexto da recuperação da Fortaleza do Morro de São Paulo, foi anunciada a abertura para março de 2017 do Museu de Território do Forte de Morro de São Paulo, em seu núcleo inicial.