Inicialmente Maragogi era um povoado chamado Gamela, em 1887 foi elevado à categoria de Vila e passou a chamar-se Isabel, em homenagem à princesa que libertou os negros da escravidão. Mais tarde, em 1892, recebeu o nome de Maragogi por causa do rio que banha o local. O nome, segundo historiadores, provém de Marahub-gy, ou rio das Maraubas. Outras interpretações traduzem Mair-aqui-gy-po como rio livre, amplo. Maragogi tomou parte ativamente nas lutas contra os holandeses.

No local registraram-se intensos combates em Barra Grande e São Bento, quando as tropas vinham do Recife com destino a Porto Calvo, que era o local de escoamento da produção agrícola da região, principalmente a cana-de-açúcar. Coube aos moradores da antiga vila desarticular, por duas vezes, tentativas de desembarque holandês no local. Como resquício da História, a tradição familiar no município é muito forte. Aconteceram muitos casamentos entre primos e vários nomes foram guardados, como Lins, Vasconcelos, Buarque, Holanda, Cavalcante e Acioly, entre outros, mantendo vivas suas raízes.